Der Hochstegenmarmor der Spannagelhöhle ist Teil eines größeren Marmorzuges im Tauernfenster, der vom Brennerraum bis in Richtung Gerlos immer wieder an der Oberfläche sichtbar wird. Im Bereich
des Spannagelhauses setzt sich dieser Marmor nach Norden unterirdisch fort und bildet dort die geologische Grundlage des Höhlensystems.